IRD - Contrat doctoral en génomique des populations de microcèbes F/H

Contexte  Les niveaux remarquables de spéciation et d’endémisme observés à Madagascar sont souvent liés aux cycles climatiques historiques de réchauffement et de refroidissement. Des études précédentes ont montré que les fluctuations climatiques du Quaternaire ont façonné les forêts tropicales des régions d’altitude, entraînant d’importantes variations de taille des populations. Cependant, l’étendue des variations climatiques et leur impact écologique dans les habitats de basse altitude restent peu explorés. Ce projet vise à étudier comment les changements climatiques du Quaternaire et les pressions anthropiques récentes ont influencé la composition génétique, la distribution et la dynamique démographique de deux microcèbes endémiques forestiers (Microcebus murinus et M. ravelobensis) dans les forêts de plaine du nord-ouest de Madagascar.Dans ce contexte, vous sera impliqué dans les activités suivantes :Bioinformatique : analyser les données de séquençage (données RADseq de plus de 200 microcèbes), en incluant toutes les étapes nécessaires telles que le filtrage des SNP, le mappage sur un génome de référence et l’identification des variants.Fragmentation de l’habitat : étudier l’existence et l’étendue des effets moléculaires de bordure chez les deux espèces sympatriques de microcèbes.Biogéographie : évaluer la structure génétique des populations et les schémas de connectivité à travers la zone de sympatrie des espèces.Démographie : inférer les réponses des espèces aux changements climatiques du Quaternaire en utilisant des méthodes avancées d’inférence démographique.Diffusion scientifique : préparer et publier des articles dans des revues à comité de lecture.Travail de laboratoire : vous pourrez également participer aux travaux de laboratoire moléculaire (extraction d’ADN, préparation des plaques pour le séquençage).  Votre future équipe Au sein de l'ISEM vous serez encadré par une chercheure IRD et en étroite collaboration avec les partenaires de l’équipe.Vous serez accueilli au sein de l’équipe Phylogénie et Évolution Moléculaire (PEM). Vous bénéficierez également de l’environnement de recherche du projet ANR dirigé par une chaire de professeur, qui prendra en charge les matériaux de recherche et la participation à au moins une conférence internationale. Des opportunités de collaborations internationales ainsi que de participation à des missions de terrain à Madagascar seront également offertes.