IRD - Thèse en génomique environnementale pour le suivi de la diversité végétale amazonienne F/H

Dans le cadre du lancement du PEPR DYNABIOD, nous proposons une offre de thèse portant sur le développement d’approches innovantes de génomique environnementale pour le suivi de la diversité végétale amazonienne.Les forêts amazoniennes abritent une biodiversité exceptionnelle et fournissent des services écosystémiques essentiels à des millions de personnes. Les végétations jouent un rôle clé dans l’équilibre écologique de ces écosystèmes complexes, mais leurs dynamiques spatio-temporelles restent mal connues. L’ADN environnemental constitue une approche prometteuse pour caractériser et suivre la biodiversité à partir d’échantillons environnementaux. Cependant, son application en Amazonie est encore limitée, notamment par le manque de bases de données génomiques pour les espèces amazoniennes et par les verrous méthodologiques liés aux approches de type « barcoding ».Le projet vise à développer des méthodes de génomique environnementale basées sur les technologies de séquençage de deuxième et troisième génération, afin de construire des références génomiques et de mettre en place des suivis de la biodiversité végétale amazonienne à partir d’ADNe. Le projet de thèse s’articulera autour de trois axes :Construction de références génomiques d’espèces végétales cibles à partir des collections de l’herbier IRD de Guyane et d’échantillons de terrain.Développement et optimisation de méthodes d’ADNe : comparaison de matrices (air, eau) et d’approches de séquençage.Déploiement de suivis temporels en Guyane et au Pérou, afin de produire des séries temporelles de diversité végétale.Le projet permettra de poser les bases méthodologiques du suivi de la biodiversité végétale par ADNe en Amazonie. Le projet s’inscrit dans une dynamique de coopération entre la Guyane, le Pérou et plusieurs pays amazoniens. Il contribuera au renforcement d’un Réseau International de Recherche « Amazon Bio-Track ».Dans ce cadre vos activités seront :Concevoir, tester et standardiser un cadre méthodologique reproductible pour l’analyse de l’ADN environnemental en milieux tropicaux complexes.Contribuer à la construction de bases de références génomiques pour des espèces végétales amazoniennes.Assurer le traitement bioinformatique et l’analyse des données produites, interpréter les données.Valoriser les résultats sous forme d’articles scientifiques.Participer à des missions de terrain en Guyane et au PérouVotre future équipe Sous la responsabilité de votre encadrante, chargée de recherche IRD,  vous rejoindrez  l’équipe de la plateforme GUYOMIQUE, plateforme mutualisée CNRS – IRD – UG de recherche exploratoire en génomique de la biodiversité Amazonienne cogérée par l’UMR AMAP et l’UAR LEEISA. Ses domaines de recherche recouvrent l’écologie évolutive, la phylogénomique, la génomique environnementale et la bioinformatique appliquée au contexte Amazonien. Pour en savoir plus :  https://www.ird.fr/guyomique-genomique-de-la-biodiversite