IRD - Chercheur en génomique fonctionnelle et évolution des éléments transposables F/H

Sous la responsabilité d’un chercheur IRD votre mission consistera à intégrer des approches de génomique des populations avec des données de génomique fonctionnelle (expression des gènes, accessibilité de la chromatine, méthylation de l’ADN, annotation des régions régulatrices) afin d’identifier les facteurs génomiques et fonctionnels prédictifs des effets sélectifs des ET.Vos activités seront les suivantes :Contribuer au développement du second volet d’un projet ANR (DaTEPalm), visant à comprendre comment les contraintes fonctionnelles et les réseaux de régulation influencent les effets délétères des éléments transposables (ET) et leur dynamique évolutive chez le palmier dattier.Intégration fonctionnelle–génomique des populations : développement d’approches statistiques permettant de relier la distribution des ET dans le génome à des variables fonctionnelles et à des paramètres évolutifs.Développement d’approches d’apprentissage automatique : mise en œuvre d’approches modernes de machine learning, idéalement incluant des méthodes de deep learning, afin de prédire l’impact fonctionnel potentiel des insertions d’ET. Production et analyse de données de génomique fonctionnelle : participation à l’échantillonnage de tissus (feuilles jeunes et fleurs) pour des analyses RNA-seq, ATAC-seq et de méthylation de l’ADN sur plusieurs variétés de palmier dattier ; traitement des données de séquençage, contrôle qualité, alignement sur des génomes de référence et analyses différentielles d’expression.Construction et analyse de réseaux de régulation génique: développement de réseaux de co-expression et de régulation intégrant les données transcriptomiques et épigénétiques ; identification de modules fonctionnels spécifiques des tissus et caractérisation de la centralité des gènes.Analyse comparative et modélisation évolutive: comparaison de la dynamique des ET entre différentes populations et lignées de palmier, intégration avec des approches de modélisation des distributions d’effets sélectifs (DFE), et contribution à l’interprétation évolutive des résultats.Participation à l’encadrement scientifique d’un doctorant ainsi qu’à la valorisation des résultats (analyses, publications, communications scientifiques). Votre future équipeAu sein de l'équipe DIADE, vous bénéficierez d'un accès aux infrastructures de calcul haute performance régionales et nationales (Genotoul, Institut Français de Bioinformatique) et collaborerez avec un réseau local (CBGP, IRD) comme international de chercheurs travaillant sur la génomique de la spéciation et la biologie évolutive des plantes.